2004年，因修商桐公路经过遗址的南部边沿，由河南省文物考古研究所三室主任刘海旺带队进行发掘，发掘面积11000多平方米。经发掘发现该遗址为一处古文化遗址，文化层堆积较厚，内涵丰富。地层堆积整体为三大层。

　　第一层为耕土层，呈灰黄色，土质结构疏松，包含大量植物根系及零碎的陶片等，厚0.2米~0.3米。

　　第二层呈浅灰色，土质结构稍密，含有烧土及草木灰颗粒，出土有陶器残片和石器，发现有烧土堆积等。其中，陶器以灰陶为主，数量最多，也有少量的黑陶，夹砂陶、红陶，也有极少数的“蛋壳陶”。可辨器形有鼎、鬲、罐、盆、瓮、杯、甑、豆等。器表纹饰以篮纹、方格纹、绳纹为主。石器为磨制，有斧、刀、铲等。烧土堆积位于遗址区西南部，采集有炉壁、烧土块等，应为作坊区，为龙山文化堆积。该层距地表深0.2米~0.3米，自身厚0.5米~2米。

　　第三层呈深灰色土，土质稍硬，结构较密，含有少许烧土颗粒，出土物以陶器为主，泥质陶和夹砂陶较多，也有少量灰陶。器形有罐、盆、鼎、甑等，器表多为素面或磨光。不少器表饰有绳纹、弦纹及附加堆纹。出土的彩陶，主要有黑彩、红彩，彩绘纹样为几何形图样。石器有砺石、斧、铲等。骨器较少。该层为仰韶文化堆积，距地表深0.6米~2.5米，自身厚约0.3米~0.5米。

　　从地形及堆积可以看出，此遗址位于枯河故道东岸，而且枯河故道两岸已发现类似古文化遗存，反映了古代先民逐水而居的生活习惯。此处遗存丰富，出土物较多，文化层较厚，具有较高的科学研究价值。1986年11月，被河南省人民政府公布为第二批省级文物保护单位。航寨遗址为省级重点文物保护单位。