该遗址南北长124米，东西宽101米，周长380米，面积1.2万余平方米，属于保存完好的台地遗址。从1977年至1979年共进行过三次考古发掘，揭露面积825平方米，文化堆积厚约2至4米，分7层：1层为上文化层，相当于商周时期，属奴隶社会；3层为下文化层，相当于新石器时代晚期，属于原始社会末期。出土石器283件，网坠128件，鼎足形状达12种、998件，代表300多个体，仅鼎类可分盘形、釜形、罐形、壶形4种。上下文化层均发现刻划文字和符号。陶器的装饰工艺多系刻划、压印、剔刺，亦有彩绘，其纹饰达40余种。

　　樊城堆遗址下文化层的文化内涵与筑卫城遗址下文化层属同一类型，是赣江中、下游具有代表性的新石器时代晚期遗址，而且分布范围很广，考古界已提出命名为“樊城堆文化”。

　　2006年樊城堆遗址作为新石器时代的古遗址，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。樊城堆遗址为全国重点文物保护单位。