盐城生物圈保护区内鸟类有19目54科262(226)(300多)种，是我国多种珍禽如鹤科、辟鸟虎鸟科、鹭科、雁科、鸭科、鹳科、鸥科等科鸟类的重要越冬地。区内湿地是我国也是全球濒危动物丹顶鹤最大越冬种群栖息地。本区恰处于黄河和长江中下游地区，是两大界动物相互渗透的广泛的过渡地带，也是暖温带和亚热带的过渡地带。因此动物区系包括鸟类区系具有南北过渡的特点。鸟类中经济价值较高的种类较多如白骨顶、绿头鸭等。

　　保护区还是中国少有的高濒危物种地区之一，至2008年，已发现有29种被列入世界自然资源保护联盟的濒危物种。