十三行博物馆位于台北县八里乡淡水河海0界处的南岸，面积约为62500平方公尺，为民国46年地质学者林朝綮在这里发现史前的炼铁遗迹，同时亦发现许多史前陶片、石支脚与凹石等，因而判断此处为史前遗址，并依据该地地名将它定名为十三行遗址，至于命名为“十三行遗址”是根据考古学习惯，史前遗址的命名多采用发现地的最小地名，而十三行遗址之所在地，台北县八里乡顶罟村的别名为“十三行庄”因而得名。