保护区内共有各种陆生野生动物25目51科149种(包括亚种)。有国家一级保护鸟类2种;国家二级保护鸟类16种;国家二级保护兽类3种。保护区内共有昆虫纲的昆虫140科,436种,蜘蛛纲的蜘蛛7科13种,蟥类5科17种。保护区具有独特的荒漠类型景观,有干旱山地、干草原,有大面积毛柳、沙柳、柠条群落,还有面积可观的湖泊、沙漠、森林、果园、绿洲及众多的文物古迹。
哈巴湖自然保护区是干旱、荒漠地区少有的具有代表性的自然综合体和比较完整的自然生态系统,具有重要的教学和科研价值,同时保护区内文物古迹众多,山川沙海兼有,具有很高的旅游开发价值。
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