相传藏传佛教格鲁派（黄教）创始人宗喀巴出生时，其母将胞衣埋在大金瓦寺正中即现在的大银塔地下，后来这里长出一株菩提树，有10万片叶子，每片叶子上现出狮子吼佛像一尊，于是其母在此建立一座小塔，后人在小塔的基础上建起了高11米的大银塔，并将以后形成的寺院命名为塔尔寺。

　　　该寺后经多次扩建，清康熙五十年（1711年），青海蒙古郡王额尔德尼布施黄金1300两，白银1万两，将屋顶改为馏金铜瓦。清乾隆五年（1740年），藏王颇罗鼐布施巨款安装了殿脊饰品。殿内塔前陈设金灯、银灯、铜灯、象牙、古瓶等饰品和法器。莲台上有塑、铸、绘画、堆绣的佛像，墙壁、天花板上绘有佛教故事，维妙维肖。殿内有清乾隆帝所赐“梵教法幢”匾额一块。殿内珍藏经卷数百卷，其中有大藏经一部。

　　大金瓦寺两侧各有弥勒佛殿一座，右殿（上贤康）系明万历五年（1577年）建，左殿（下贤康）系万历二十二年所建。