寺始建于明代，三迁而至今址。民国17年(公元1919年)重修扩建，总占地面积40余亩，是陕北最大的仿古建筑群。寺内大小殿院十四处，牌楼二座，楼台殿阁，此起彼伏布局谨严，铺排得宜。东部道观有祖师、三清、三宫、圣母殿和玉皇阁、真人洞、龙王庙等，西部佛寺建有大雄、菩萨。弥勒、金刚、东西罗汉殿及讲经堂、禅堂等。全寺庙所建筑约300间，均为砖砌拱窑。真武殿居于正中，高大雄伟，立柱重檐，彩凤金龙，飞阁流丹，对面纯木结构牌楼：四柱三楼，层斗迭拱，玲陇剔透，巧夺天工。真武闪身崖泥塑，造型奇特逼真，四壁饰以木雕、壁画。人物如生，鸟兽欲飞。

　　“文革”中青云寺遭到破坏，殿内工艺精湛的石雕、泥塑、壁画以及堪称工艺佳品的木牌楼私碑喝等荡然无存，其它砖雕、亭阁不同程度亦遭破坏，从1981年起当地群众自筹资金陆续对青云寺各殿宇进行修复，复塑褚-像，彩绘壁画， 重建木牌楼、亭、阁等，大量培植花草树木花卉，始至今其规模逐年扩大。青云寺庙群以它的精湛泥塑艺术称誉蒙汉之间。1984年榆林县人民政府公布 青云寺庙群为榆林县重点文物保护单位，1986年划定了保护范围，后又成立青云寺文管所。 几经修复扩建，青云寺建筑工艺精特，风景状观，已成为榆林重要的旅游景点一。