仓姑寺主佛殿的面积并不很大，分上下两层，上层是经堂。殿门沿台阶而上，殿门两边绘制有四大天王壁画，屋檐和门柱雕饰，几乎与其他藏传佛教寺院相同。门柱上方，则是传统的狮面和人面柱头像。仓姑寺主供十一面观音菩萨，另有文殊菩萨、无量寿佛、宗喀巴大师和十三幅明清以来唐卡等。

　　仓姑寺最著名算是主佛殿一层地下的松赞干布修行洞。洞内供奉着吐蕃国王松赞干布塑像，每天有三名专职的尼姑在这里，按时诵经祈祷，摆放供品，或是替换灯油。

　　说起仓姑寺的历史，人们习惯上把它追溯到公元7世纪的吐蕃王朝时期。传说，那个时候一到夏季，拉萨河上游各个山谷的洪水都顺势而下汇集到了拉萨河，造成拉萨河水突然的爆涨，于是经常发生水灾，殃及两岸的农田和村庄，给广大老百姓带来了巨大的灾难和损失。为了消除拉萨河水给百姓和拉萨城造成的危害，藏王松赞干布就在拉萨河的河堤上挖了一个地洞，闭观诵经，祈愿消除水患，人民安居，百姓幸福。后来人们把藏王松赞干布修行过的地洞称为“仓姑”，也就是地洞的意思。

　　公元十二世纪，一位人们称为神医的杰瓦奔在修行洞曾闭观修行，据说，得此大成就，使得这个早已闻名的修行洞更加盛名远播。到了公元十五世纪，宗喀巴大师的得意弟子古觉多丹在修行洞的基础上了正式修建了仓姑寺，不过那时寺院的规模并不很大。直到公元二十世纪初，帕邦卡仁颇且和第90甘丹赤巴强巴曲扎出资大规模的扩建，逐渐形成了今天的规模。

　　解放前，不少贵族都将女儿送进仓宫姑寺修行，为的是逃避嫁女时所出的高额嫁妆，西藏女作家曲珍的小说《无性别的神》中，女主角央珍卓玛便是遭此命运的不幸女性。与其他出身贫苦得四处化缘的阿尼不同，这些贵族小姐住在父兄修建的小楼中，不光可以免除劳役之苦，甚至还有仆人服侍。青灯古佛的-压抑不了追求爱情的心，不少贵族阿尼都私下与情人有往来，甚至将他们带到寺中私会。西藏有首歌谣，据说形象归纳了拉萨四座阿尼庙的特点：“米钦热寺的尼姑，在悬崖顶上的修行；嘎丽寺的尼姑，在深山沟里放牧；朗古寺的尼姑，在佛堂里边喝酒；唯有仓姑寺的尼姑，既有佛法的修行，又过世俗的生活。”

　　仓姑寺的经济来源主要依靠施主的供奉和信教群众的捐献。另外，为弥补不足，寺庙还在附近开办了茶馆、餐馆、诊所等。但这些经营实体大多带有慈善性质，不仅物美价廉，而且服务周到。寺庙里的尼舍大多是尼姑自建的，产权归寺里所有。尼姑去世或还俗后，如果没有可以继承尼舍的徒弟，房产就由本寺收回，转售给其他尼姑，售房款入寺里的公积金。尼姑们个人的生活来源是，家庭条件较好的尼姑由家里供应；其他尼姑靠外出从事佛事活动的收入；少数特困尼姑，还要靠给别人洗衣被的微薄收入为生。

　　作为仓姑寺的管理机构，寺管委会由四名成员组成，分别是主任、副主任和两个委员，她们各有分工，分管寺里宗教、经营等事务。另外，寺里还按照修习级别，设有执事导师和翁则(即领经师)，负责日常的纪律监管和佛事活动等。设有库房负责布施，由较年轻的三名尼姑按修习的级别，依次每二年轮流担任。布施所剩的财务，要移交下一轮。另外，还有20名年轻的尼姑，负责寺庙厨房等日常事务。

　　想入寺当尼姑的女子很多，但寺里房屋及设施有限，只能实行严格的考试制度，挑选优秀的人才入寺。具体来说，能流利背诵500页经书才能进入仓姑寺。背诵经书要花很长时间，有的女子背了16年都考不上。

　　仓姑寺的定员编制是100名僧尼，但现有87名出家僧尼。阿尼拉们大部分是从山南、林芝、达孜等地慕名前来学法。寺里给每位阿尼拉每月400元人民币。