元至正三年（1343年）建，依山向南，建筑面积100平方米，原位于庙中轴线北端，阁平面正方形，面阔、进深均为10米，歇山顶。梁架为四椽栿前后对箚牵用四柱，额枋采用弯木作成月梁状，檐柱侧脚明显。前檐斗拱用六铺作三抄。后檐不设斗拱，仅用箚牵挑出支承挑檐枋。殿堂出檐达1.5米，翼角微翘，形态舒展。

　　整个建筑，既具宋代《营造法式》中某些建筑特点，又有明显的地方特色。其“叉手”用料为同期建筑所罕见，左右次间还保持“草袱”及圆木椽子。建筑造型优美，大式作法，与山西五龙庙形制相似。五龙庙文昌阁虽仅存后殿，但却是现已保存不多的元代建筑。

　　2001年6月，五龙庙文昌阁被国务院公布为第五批全国重点文物保护单位。五龙庙文昌阁为全国重点文物保护单位。