遗址东2公里为古老的泗河，遗址北侧有一条古河道。遗址中心部分面积为6万平方米，外缘面积12万平方米，是一处较大型的遗址。1975年秋至1978年秋，中国社会科学院考古研究所对此遗址共进行了7次发掘，揭露面积10180平方米，发掘新石器时代墓葬899座，房址14座，灰坑423座。出土了大量石、陶、骨、玉、蚌、牙、角质器物，还有不少的动物遗骸等。

　　王因遗址分为五层，二至四层为大汶口文化早期地层，第五层为北辛文化晚期地层。王因遗址墓葬全部出在大汶口文化地层中，葬式以仰身直肢葬为主，合葬和二次合葬占一定比例，侧身和曲肢葬为数较少。王因遗址墓葬区是全国最大的史前墓地之一和发现墓葬最多的氏族公共墓地。王因遗址的发掘以墓葬区为主，尚有大面积的生活区保存完整。王因遗址0土的生产工具、生活用具、墓葬随葬品以及亚热带动物遗骸，为研究史前生活习俗、埋葬方式、人类体质特征和史前环境提供了重要的实物资料。

　　王因遗址所反映出来的大汶口文化和北辛文化，从而对确立两种文化的传承关系，提供了非常关键的地层依据。王因遗址的发掘资料由中国社会科学院考古研究所编著为《山东王因》考古专著，并由科学出版社出版发行。

　　2006年王因遗址作为新石器时期的古遗址，被国务院列入第六批全国重点文物保护单位。