明崇祯十七年（1644年）清军入关后，控制了全国大部分地区。吴淞作为长江门户，长期处于激烈的争夺中。从清顺治八年（1651年）至十二年，明将张名振、张煌言的舰队曾4次进攻吴淞，3次攻入长江。顺治十六年，郑成功率大军进入长江，直逼南京，清朝政府受到极大震动。顺治十七年，江南总督郎廷佐奉命在黄埔江西岸吴淞杨家嘴口修筑炮台。康熙五十七年又在杨家嘴对岸修筑炮台，两座炮台夹江对峙，东岸的炮台称东炮台，西岸的老炮台改称西炮台。

　　 道光二十二年（1842年）鸦片战争进入第三年，五月初八日凌晨，英国侵略者向吴淞炮台大举进攻，江南水师提督陈化成在此与英军展开殊死搏斗。西炮台是吴淞口的主阵地，拥有175门大炮，东炮台只有20余门大炮，属辅助阵地。由于两江总督牛鉴临战逃窜，致陈化成陷入孤军作战，使西炮台陷入敌手。吴淞失守，长江门户洞开，侵略军长驱直入，迫使清政府在南京签订不平等条约。

　　 鸦片战争后，海防形势发生变化，防御设施集中于黄埔江西岸。东炮台未再修复，西炮台则屡加改建。工程仿照西洋式样，架木排桥，外用三合土筑造。后又三面围筑土城，长550米、高4～6米，垛墙高2～3米，内设暗炮台11座、明炮台3座、弹药总库2所、小库11所，装配弹药房2间、兵房46间，共安装大炮12门、小炮6门。

　　 光绪十年中法战争期间，法-舰悍然-上海港口，拦截我国漕运民船，炮轰我国巡逻舰艇。中法战争结束后，于光绪十二年在吴淞南石塘北端增设北炮台，与西炮台互为犄角。光绪十五年，又在月浦长江岸边建狮子林炮台。

　　 光绪二十六年，自强军营务处总办沈敦和指挥士兵炸毁西炮台，遭到舆论谴责，言路御史纷纷奏本-，沈敦和受撤职戌边处分，而西炮台终成一片废墟。西炮台被毁后，清政府责令两江总督刘坤一“迅筹规复，以振南洋要口”。刘坤一委盛军统领班广盛在吴淞南石塘南端新筑一座炮台，称为南炮台，与北炮台首尾衔接，长750米，总称吴淞炮台。清末和民国初年吴淞炮台由驻沪军队重兵筑防。民国21年一二八淞沪战争中，十九路军将士在炮台奋勇战斗，多次击退日军进攻。日军飞机大炮对准吴淞炮台轮番轰炸，南北两炮台被毁。1973年在遗址建成吴淞口“370"国防工程。