1997年12月，内蒙古自治区呼伦贝尔市鄂温克族自治旗人民政府批准建立辉河珍禽湿地地方级自然保护区。
1999年11月，经内蒙古自治区人民政府批准晋升为自治区级自然保护区。
2002年7月，经国务院批准晋升为国家级自然保护区。
2004年7月，呼伦贝尔市机构编制委员会批复成立呼伦贝尔市辉河国家级自然保护区管理局。

    辉河国家级自然保护区位于内蒙古自治区呼伦贝尔市西南部, 地处鄂温克族自治旗行政区域内，地理坐标为北纬48°10′-48°57′，东经118°48′-119°45′，总面积为3468.48平方公里。

    辉河自然保护区处于大兴安岭山地森林向呼伦贝尔草原的过度带和草甸草原向典型草原的过渡带，集森林、草原、湿地于一体，具有低山丘陵、高平原、沙地、河谷等多种类型组合的地貌。

    保护区设立了高林温都尔、草甸草原、沙地樟子松疏林等三个核心区，面积684平方公里，占保护区总面积的19.72%。缓冲区面积为827平方公里，实验区面积为1957.48平方公里。

    保护区主要保护对象为湿地、草原、森林生态系统及珍稀濒危鸟类。

    保护区具有原生、典型、复杂的生态系统和丰富的物种资源。截至2013年，保护区分布有鸟类38科187种，其中丹顶鹤、大鸨等国家I级保护鸟类9种，大天鹅、白琵鹭等国家II级保护鸟类27种；鱼类8科31种；两栖爬行类3科10种；兽类15科42种，其中国家II级保护哺乳动物4种；植物60科199属344种。

    截至2013年，辉河自然保护区管理局内设3个科室：办公室、科技宣教科、保护管理科。管理局下设有4个观测管理站：骆驼脖子观测管理站、西博桥观测管理站、高林温多尔核心区观测管理站、莫达木吉观测管理站；1个鸟类救护繁育中心，设在骆驼脖子。
    保护区设有公安派出所，受鄂温克旗公安局及保护区管理局的双重管理。保护区还成立了环境监察大队和渔政大队。

    辉河湿地是呼伦贝尔草原东部最大的一条沼泽、湖泊型带状湿地，与达赉湖、俄罗斯达乌尔斯克、蒙古国达乌尔严格保护地共同构成了东北亚地区草原湿地生态系统，是东北亚乃至全球重要的生态屏障，对维护地区生物多样性的稳定具有不可替代的功能和价值。
    辉河湿地对气候的有效调节是沙地樟子松林形成的必要条件，沙地樟子松林防风固沙、涵养水源的重要功能又为湿地提供了充足的水源，通过相互作用形成共生生态系统，为草原生态系统提供物质基础。辉河湿地作为候鸟的重要繁殖、栖息地及迁徙过境的驿站，在国际上享有盛誉，是大鸨、丹顶鹤、大天鹅、鸿雁最重要的繁殖地之一，也是16种东亚—澳大利亚候鸟迁徙重要通道，《国际鸟类红皮书》已把辉河湿地列入侯鸟重要秋季集结、迁徙地。
    辉河国家级自然保护区的建立对有效保护湿地、草原和沙地樟子松林生态系统，为区域生物及遗传基因多样性的保护，建立生物基因库，开展生态监测、珍稀物种的救护和繁育等研究提供了必要保障，为呼伦贝尔市乃至中国北方可持续利用生物资源研究提供了良好的生态环境，具有十分重要的经济和社会意义。