寺庙主体建筑以中轴线为标准，依次为山门、钟鼓楼、放生池、一进门台、二进白衣丞相殿、三进观音殿、厢房，西侧配殿有夫人殿，总占地面积约一万平方米。山门为砖混仿古建筑，重檐歇山顶，首建于1985年。门额匾“泽被侨乡”为沙孟海于1991年题写，过山门左右两边为钟鼓楼，平面呈正方形，8.2米见方，三重檐四角攒尖顶，楼内分别置巨形钟鼓各一。天井中处为放生池，并建“吉祥桥”，放生池面积约200平方米，1987年修建。一进门台面阔七间20.9米，进深三柱4米，五架檩，中柱分心双步梁。二进白衣丞相殿，面阔22米，进深11.25米，十一架檩，前后双步梁，明间上施八角六跳藻井。重檐歇山顶，屋面正、垂脊施邸尾走兽，飞檐起翘。殿内供白衣丞相塑像，厢房面阔7.6米，进深5米，檐廊设栏凳。三进观音殿，面阔三间18米，进深14.9米，重檐歇山顶，大殿供塑观音、十八罗汉塑像。二、三进天井之间建有清同治十一年的放生池，占地面积约60平方米。紧依白衣丞相殿的西侧为配殿夫人殿，共三进，一进面阔14.4米，进深9.3米，重檐歇山顶，明间置弥勒佛，两侧供塑四大金刚。二进面阔19.7米，进深7.3米，明间供塑如来，两侧供塑罗汉壁。三进观音殿，面阔19.7米，进深12.1米，清真禅寺殿内雕梁画栋，富丽堂煌，具有浓厚的宗教文化特色。

　　清真禅寺初创于宋末元初。初创时为正殿两进。元大德年间（1297-1307）建右侧配殿“夫人宫”，明嘉靖八年（1529）增建前殿，清乾隆年间重修正殿；清嘉庆年间（1796-1820）扩建女客房，清咸丰十一年，太平军攻占青田，前殿被焚毁，同治元年重建；清光绪三十一年建东西辕门，民国十六年（1927）建钟、鼓楼，1985年筑围墙，拆去东西辕门，建山门，挖筑放生池，造花园，规模进一步扩大，并将钟鼓楼纳入寺庙范围，形成一个整体寺庙建筑群。

　　清真禅寺坐落在阜山乡眠牛山麓，坐北朝南，东西两侧是村民住房，寺南空地前约150米处有单孔青石砌筑的乐安桥，桥两侧设栏杆，栏杆花板浮雕花鸟，望柱刻饰莲瓣，与清真禅寺遥相呼应。

　　清真禅寺常年点燃着几十对巨烛，分别为600斤、1000斤、1200斤，甚至2000斤，俗称千斤烛。千斤烛是长明灯，是延寿烛。一对蜡烛，长明365个日日夜夜，照亮一个周岁，实乃中华一绝。制作千斤烛有专门的民间信仰组织――“廿四拜会”（逢初一十五祭拜，一年廿四次）主持，每年二月十九清真禅寺庙会时，善男信女购买千斤烛，用彩车乐队的仪式贡送而来，择时举行燃烛仪式。

　　清真禅寺主供唐朝丞相李泌，唐德宗朝拜为中节待中、同平章事（丞相），因常穿白衣，故有白衣丞相美称，据传与李泌同朝一陈姓京官，因受奸臣陷害，被打入天牢，后经李泌冒死相救，转危为安。陈氏晚年退隐故里青田，撰文记述此事，告于后辈，永铭白衣丞相李泌恩泽。此后在青田、永嘉一带，修建了许多供奉白衣丞相的寺庙，阜山的清真禅寺规模最大，年香客数量近二十万，在浙西南一带颇有影响。