要想防治番茄芽枯病，首先要知道发生原因是什么，需要使用不同的微肥来进行防治。

一般情况下，番茄发生芽枯病的原因主要有两点，一是夏秋茬保护地番茄在夏未秋初由于中午通风不良，造成棚内35至40度以上的高温；二是番茄栽培过程中氮肥施用过多；三是在多肥条件下，高温干燥会影响植株对硼肥的吸收，造成植株缺硼。

防治方法：首先要实行配方施肥技术，并适当增加硼、锌等微肥的施用；其次番茄定植后要加强通风，防止35度以上的棚内高温，有条件的可用遮阳网覆盖塑料薄膜；另外定植后还要适当蹲苗，控制第一穗果膨大前的肥水供应，保证第一穗正常坐果。还有就是在病害易发的月份，应用浓度为0.1%至0.2%的硼砂溶液，对植株进行叶面喷洒，每隔7至10天一次，连喷2至3次即可。