目前微生物肥料主要有根瘤菌肥料、固氮菌类肥料、解磷微生物肥料、硅酸盐细菌类肥料等四大类肥料。

根瘤菌肥料是推广最早，效果显著的一种高效菌肥，它与豆科植物共生，通过浸染豆科作物的根系进行结瘤固氮。根瘤菌对生产条件要求较苛刻，稍疏忽污染杂菌，产品就难合格；它还有严格的互接种族，一种根瘤菌剂只能用于相应的豆科植物，用错无效，另外，结瘤竞争、菌株选育及应用条件等问题解决得也不够理想，所以此类肥料在我国的发展并不快。

固氮菌类肥料是指能自由生活的固氮微生物或与禾本科植物联合共生固氮的微生物为菌种生产的固氮类肥料，与根瘤菌固氮有本质的区别，其固定的氮素是供自身需求，当满足自身需求时，体内氨的浓度能抑制固氮酶系统，使固氮停止。由于此类微生物当中的许多菌株在生长繁殖中产生多种植物激素类物质，且其在根际生长繁殖没有严格的特异性，尤其易于在甘蔗、玉米、高粱等作物根部生长繁殖，应用范围广泛，因此这类肥料在生产上应用较广。

解磷微生物肥料，这类微生物在生长、繁殖和代谢过程中产生如乳酸、柠檬酸等有机酸和植酸酶类物质，是固定在土壤中的难溶性磷如磷酸铁、磷酸铝以及有机酸磷酸盐矿化成作物能吸收利用的可溶磷，供作物吸收利用。磷细菌在我国有较好应用前景，但由于解磷机理不十分明确，施入土壤后的活动和消长动态、解磷作用发挥的条件不十分了解，加上菌剂质量不能保证，因而应用受到很大限制。

硅酸盐细菌类肥料其硅酸盐细菌是一种能在以硅铝酸钾或长石粉为唯一钾源的培养基生长的细菌，这种细菌有分解释放矿物钾的能力。但现在还不能充分肯定硅酸盐细菌具有分解含钾矿物而释放水溶性钾的能力，因此，硅酸盐细菌肥料的作用还需要进一步研究。此外还有菌根类肥料、固氮蓝藻类肥料、抗生菌类肥料、根际促生型细菌肥料、光合细菌肥料等，为了提高接种效果，常采用复混剂型。