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套播麦肥料全部施于表层，流失多，加上根系下扎浅，后期易脱力早衰。因此，施肥技术上要根据稻套麦高产吸肥特性与生长特点，在提高播种质量的基础上以壮苗、壮株、主攻大穗、防止早衰为目标，合理配方施肥，加大投肥力度，科学运筹肥料。在投肥结构上，要确立稳氮增磷补钾的原则，提高有机肥、磷钾肥和复合肥的施用比例，以确保套播麦茎秆粗壮，促根增蘖，增加积累，提高肥料报酬率。 P2O5和K2O总施用量必须均达150千克／公顷以上，其中中后期比例必须占40％左右。中后期增施磷钾肥，有利于在获得适宜穗数前提下，提高成穗率，增粒增重增产。

在肥料运筹上，一是套肥确保“胎里富”，套播麦在共生存)期内缺少光照，苗质瘦弱，收稻后施肥既易使麦苗脱力落黄、缺根少蘖，又易挥发损失。因此，套种的同时要套肥，以利壮苗。套肥在种子套播和水稻收割前，每公顷施种肥尿素 75～120千克或高浓度复合肥225千克左右。二是及早追施壮蘖肥，以促根壮蘖，达到基(套)肥不足苗肥补。若施用过迟不利于冬前培育壮苗，生产上一般在2.5～3.5叶，每公顷用尿素150～225千克加氮、磷、钾复合肥(8：8：8)450千克，同时配合施用优质灰杂肥(含N0.3％；P2050.02％；K2O 0.4％)22 500～30 000千克／公顷，在开沟前撒施，开沟时，把沟土匀盖在肥料上，以利于肥料人土提高肥效。在返青期对冬发不足或基、苗肥数量少的田块应根据苗情适当补施一些接力肥，对于麦畦沟边和田内黄塘要留意补施肥料，促进全田麦苗平衡生长。三是重施拔节孕穗肥。稻套麦下层根系少，后期土壤供肥能力差，施好拔节孕穗肥，对预防后期脱力早衰，提高结实率和千粒重，夺取小麦高产十分关键。据应量、裴兴祖等研究表明，4月上旬追施穗肥的田块，成穗数477万／公顷，每穗粒数33.5粒，千粒重38.4克，实产达6 000千克／公顷，较未施穗肥田块，每公顷增穗4.5万，每穗增1.1粒，千粒重增加1.6克，实产增450千克／公顷。拔节孕穗肥以倒3叶和剑叶期两次施用为佳，以利高积累和防早衰，一般用尿素225千克／公顷。具体施用情况应视苗情而定，施肥适期是在群体叶色褪淡，形态拔节以后，如果前期肥料充足，则应适当推迟追肥时间和减少用肥量；反之，要提早施用。从总体看，施肥的特点是：增加了总施肥量，同时总施量中提高了磷、钾肥比例；基肥不施，大量增加了苗蘖肥与拔节孕穗肥，肥料全部表施(富集于表土层)，种肥可随田间水层较多地渗入土层，苗蘖肥也被开沟覆在薄土层下。实践证明，这种施肥法利于在争得多穗的基础上克服早衰，形成较大的穗型。