菠菜根腐病发生时，一定要及时选用农药制剂来进行防治，那么可选用98%恶霉灵可湿性粉剂30000倍液64%杀毒矾M8可湿性粉剂600倍液、72.2%普力克水剂600～800倍液69%安克可湿性粉剂3000倍液、80％山德生可湿性粉剂600～800倍液、1.5％多抗霉素可湿性粉剂150～200倍液、50％多菌灵可湿性粉剂600～800倍液等喷雾，每7～10天一次，连续防治2～3次。